Borja Fernandez to wychowanek Celty Vigo, w której spędził prawie całą swoją piłkarską karierę. Występował w juniorskich zespołach tego klubu, a następnie został zawodnikiem drugiej drużyny i na trzecim szczeblu rozgrywkowym w Hiszpanii rozegrał 98 spotkań, zdobywając 8 bramek. W sezonie ligowym 2017/18 został wypożyczony do drugoligowego Reus, w którego barwach wystąpił 18 razy.

Nowy nabytek Miedzi ma za sobą także 10 występów w La Liga. Zagrał m.in. w spotkaniu przeciwko FC Barcelonie, które Celta wygrała 1:0. Występował także w spotkaniach z Athletic Bilbao, Valencią i Espanyolem Barcelona. Pełne 90 minut na najwyższym szczeblu rozgrywkowym zanotował 23 stycznia 2016 w meczu przeciwko RayoVallecano.

Borja Fernandez jest również wysoko oceniany przez kibiców, którzy na forach internetowych wyrażali swoje niezadowolenie z powodu rozwiązania przez niego kontraktu z Celtą. Po powrocie do Vigo z Reus przygotowywał się do obecnego sezonu z pierwszym zespołem. Niedawno wystąpił nawet w sparingu z angielskim Southampton.

Zawodnik, który jest wyceniany przez branżowy portal Transfermarkt na 400 tys. euro, przeszedł pomyślnie badania medyczne i podpisał z Miedzią trzyletni kontrakt.